1er septembre : commencement de la guerre. Korczak prend la décision de rester avec ses pupilles dans leur maison commune.
Étant de garde, il monte sur le toit de la Maison de l’orphelin pour éteindre les bombes incendiaires.
Il est très actif à la radio : il prononce un appel au calme et aide à organiser un service d’information destiné aux personnes ayant besoin d’aide. Il déploie une action énergique pour assurer le fonctionnement de la Maison de l’orphelin.
Octobre : les nazis ordonnent la création du ghetto pour la population juive. Malgré les efforts désespérés de Korczak, les orphelins sont transférés à l’ancienne école de commerce, 33, rue Chlodna, bâtiment inadapté à un internat de cent cinquante enfants. On organise l’enseignement scolaire sur place, les enfants éditent un journal mural, travaillent dans différentes sections. Le Tribunal des pairs et le système d’autogestion continuent à fonctionner.
Arrêté par les Allemands et enfermé dans la terrible prison de Pawiak (pour avoir exigé la restitution d’une cargaison de pommes de terre, destinée aux enfants), Korczak est libéré sous caution, payée par ses amis.
Il consacre des journées entières à recueillir des dons afin d’assurer la survie de la Maison de l’orphelin.
Malade et épuisé, il se charge pourtant d’un autre orphelinat, 39, rue Dzielna, où près de six cents enfants sont menacés de mort par suite de maladies et de manque de nourriture (« une maison préfunéraire pour enfants », comme il l’appelle). Korczak réussit à rendre l’atmosphère moins pénible, à atténuer la faim et à assurer un peu d’hygiène, tout en luttant contre la démoralisation du personnel. Il habite toujours dans la Maison de l’orphelin, rue Sliska. A partir de mai 1942, il écrit la nuit son Journal (qui sera publié après la guerre), document autobiographique bouleversant, témoignage sobre et irréfutable des atrocités nazies.
8 juin : cérémonie de consécration du drapeau vert (couleur de l’espoir, couleur de la nature) de la Maison de l’orphelin. Les enfants prêtent serment de « cultiver l’amour pour les êtres humains, pour la justice, la vérité et le travail ».
18 juillet: la Maison de l’orphelin donne une représentation théâtrale. Les enfants jouent le drame Le Courrier de Rabindranath Tagore, interdit par la censure nazie. Interrogé sur le choix de cette pièce (représentant un enfant malade, enfermé dans sa chambre et qui meurt en rêvant de courir par les champs), Korczak répond qu’il est nécessaire d’apprendre à accepter la mort avec sérénité.
22 juillet : l’anniversaire de Korczak coïncide avec la première journée de « liquidation » du ghetto. Les rafles commencent dans les rues; trois fois Korczak est pris et emporté par « la charrette de la mort ». Chaque fois, il est renvoyé à son domicile.
4 août : Korczak, Stefania Wilczynska, les éducateurs et deux cents orphelins sont amenés à la « Place de transbordement » (d’où partent les trains pour les camps de la mort). On les enferme dans des wagons. Ils sont transportés au camp d’extermination de Treblinka.
Cette chronologie a été établie d’après le Kalendarium de la vie, des activités et de l’oeuvre de Janusz Korczak, édité par l’Institut de recherches pédagogiques du Ministère de l’enseignement et de l’éducation ; l’Etablissement de recherches de systèmes d’éducation ; le Laboratoire Janusz Korczak, Varsovie, 1978. Elle figure dans l’ouvrage Comment aimer un enfant de Janusz Korczak (Editions Robert Laffont, Paris).